赤字になった場合の対応はsimuconf.tabの設定によって変わります。
ここではデフォルトの設定について説明します。

全てのプレイヤーには与信限度額があります。
ゲーム開始時の与信限度額は現金残高の10%です。
プレイヤーの純資産と利益が増加するにつれ、与信限度額も増加します。

現金残高が足りない場合でも、与信限度額以内なら交通インフラ、建物、土木工事、車両などにお金を使うことができます。
与信限度額を超えてお金を使うことはできません。ただし例外として【撤去ツール】に限り、コストのかかるインフラ設備を撤去するためにいつでも使うことができます。

借金をしている間は、利息を支払わなければなりません。
デフォルトでは毎月10%ですが、これはsimuconf.tabで設定できます。
Simutransでの利子は複利です。プレイヤーは負債総額に利子を支払い、新しい利払いは負債の合計に加算されます。

3ヶ月連続で借金をしている場合、与信限度額は徐々に悪影響を受けます。
借金を返し終え、黒字を継続すれば与信限度額は徐々に回復します。

デフォルトの設定では、簡単に清算処理が行われることはありませんが、交通インフラに費やす余裕がなく借金を返済することができない場合があるかもしれません。
そういった場合、simuconf.tabの設定によっては、月末にプレイヤーの借金が純利益を上回った場合は破産が宣告されます。